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創建編輯應用

本文介紹如何在工作空間中從頭創建和編輯應用。用戶可以在從頭創建WDL應用,將本地或社區中的WDL應用遷移到基因分析平臺中,并且為應用配置常用的分析運行參數。

創建應用

  1. 提供應用基本信息

    • 同一工作空間下的應用名稱必須保持唯一,只能由數字、字母、下劃線、連接符組成,長度不超過64個字符,且不能以數字或者連接符開頭。

    • 目前平臺僅支持WDL標準的流程類型應用。

    • 應用版本唯一標簽可設置等效于版本編號的版本標簽,后續創建任務時可選擇使用版本編號或標簽。

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  2. 編寫應用WDL文件

    • 可加載范例作為參考,完整WDL語法請參考官方社區文檔。

    • 應用必須有且只有一個workflow,作為應用的主文件:

      • 如main.wdl。

    • 用戶可以在主文件中定義task,也可以添加更多文件來作為task的輸入,并將新增的文件導入主文件中進行使用:

      • 如新增sub.wdl, 并在sub.wdl中定義 task foo。在main.wdl中 import "sub.wdl"后即用使用 foo。

    • task中的runtime部分是定義基因分析應用運行時資源消耗的關鍵內容,請查看“設置運行時屬性”獲取幫助。

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    說明

    平臺會對WDL文件進行語法校驗,不通過則會給出相應的錯誤提示,包含具體的行號和內容。

  3. 添加運行參數(可選)

    • 平臺會解析應用內容,自動生成應用的輸入參數,作為用戶添加運行參數的模板。

    • 用戶可以添加多套運行參數,并通過名稱和描述信息來說明使用場景。

    • 運行參數必須按照WDL中聲明的類型,提供有效的值。

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  4. 撰寫幫助文檔(可選)

    • 版本介紹:該版本的修訂信息。

    • 幫助文檔:應用的使用幫助,支持使用Markdown語法。

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編輯應用

說明

基因分析平臺中的應用支持版本化管理,所有版本應用內容均不可更改。編輯指定應用,即為創建該應用的新版本。

  • 創建應用時,如果應用名稱已經存在,即為創建/編輯該應用的新版本

  • 工作空間中用戶創建的應用版本號由平臺自動管理,即從0開始,整數遞增,迭代版本數目限制見單應用可修改的版本數

在工作空間的應用列表中,我們可以編輯指定應用:

  • 來源于應用倉庫的應用,屬于公共應用在工作空間的鏡像引用,不支持直接編輯,如需調整公共應用,請使用公共應用WDL代碼創建新應用。

  • 用戶可選擇指定的應用版本進行編輯:

    • 編輯應用時,應用名稱無法更改;

    • 編輯應用時,WDL文件展示的是選擇的指定版本的內容;

    • 如果新版本的WDL內容無變化,則保留展示指定版本的運行參數;

    • 保存完成后,自動生成新版本號。

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版本打標

點擊應用名稱進入應用詳情頁面,點擊“版本打標”可對當前選中的應用版本進行添加或修改應用版本唯一標簽,標簽在該應用的所有版本間將保持唯一性,因此重復打標將自動清除其他版本上的相同標簽。后續創建任務或模板時,選擇該標簽后將自動匹配攜帶該標簽的應用版本。

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