本文介紹如何在工作空間中,使用基因應用創建運行任務。
步驟一:選擇應用版本
在工作空間的應用配置中,瀏覽基因分析應用,點擊“運行”。
步驟二:設置運行選項
點擊應用版本選擇框,可選擇應用相應版本或標簽。
Call-Caching:是否復用此前的計算作業結果,見運行選項。
任務執行目錄:默認為當前工作空間綁定的OSS Bucket下analysis/ 目錄,即最終輸出結果及中間結果上傳至該目錄下。
刪除中間結果:是否刪除運行任務的中間計算結果,僅保留最終流程輸出。刪除中間結果將導致該任務結果無法用于后續任務Call-Caching功能。
拷貝最終結果以及結果輸出位置:如果用戶選中拷貝最終結果,則可將最終輸出結果拷貝至該目錄下,默認情況下結果文件將保留原workflow目錄結構,如選中使用相對路徑,則僅將最終文件拷貝至該目錄下。
點擊系統推薦參數選擇框可選擇創建應用時預填的應用參數(見步驟四)。
步驟三:提供應用運行輸入參數
根據應用的定義,輸入參數會有不同的類型,需要提供有效值。
File:必須為OSS的文件路徑,如 oss://bucket/dir/to/file或oss://bucket/dir/。
String: 字符值,如 “abc”。
Float:浮點數,如 1.2。
Int:整數,如10。
Boolean:布爾值, true或false。
Array[X]: 以上基本類型的列表值。
Pair[X,Y]: 以上基本類型的二元組,如 ("bam", "bam_index")。
詳細數據類型請參考WDL語法介紹。
平臺為File類型的輸入提供了文件選擇器。用戶可以使用當前區域的OSS文件,或者是由平臺提供的公共數據集中的文件。
創建應用運行任務,所有必須參數都提供合法有效值,才能創建成功。
步驟四:(可選)使用系統推薦參數
平臺開發應用時,可以根據應用的使用場景,提供不同的配套運行參數,以便用戶可以使用最佳實踐的參數進行基因數據的分析。
選擇系統推薦的運行參數后,會自動填充到參數輸入框中,用戶可以根據自己需求修改相應參數值。
步驟五:創建成功
創建成功后,平臺會自動跳轉至運行頁面。用戶可在該頁面看到歷史運行任務,點擊任務名稱即可進入任務詳情頁查看運行的狀態、執行進度、任務日志信息等。
如創建成功后運行頁面未顯示當前創建的任務,請手動刷新頁面即可。