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什么是基因分析平臺?

阿里云基因分析平臺(Genomics Computing Platform)是用戶友好的基因分析一站式平臺,端到端地提供數據傳輸、存儲管理、生物信息分析等核心能力。平臺支持GA4GH社區開放標準,集成豐富的流程工具和公共數據集,幫助用戶安全高效、敏捷彈性地處理任意規模基因數據。

相比于其他用戶方案,基因分析平臺提供完整的Serverless基因計算服務,簡單易用、經濟高效、靈活可靠、且超大規模。結合阿里云海量的存儲計算資源、連通測序上下游的用戶網絡、以及數據和應用的生態合作伙伴,基因分析平臺廣泛用于基因組學數據從樣本到報告的分析全過程,可以作為不同應用系統計算底座,全方位滿足基因組學科學研究和臨床應用的需要。查看更多產品優勢。

產品架構

基因分析平臺產品架構如下:

基因分析平臺產品架構圖

  • 用戶基因數據安全加密的存儲在自己的對象存儲OSS中,僅授權給基因分析平臺計算時訪問。

  • 提供計算側的文件訪問緩存加速,支持計算作業直接讀寫OSS文件,解決并行任務的I/O和吞吐問題

  • 大規模并行計算調度,提供容器/虛擬機執行環境,支持多種異構計算,加速基因分析。

  • 工程化的流程執行引擎,支持GA4GH標準(WDL/CWL),無需遷移改造。

  • 精細的資源和權限管控的用戶工作空間。

  • 包含Sentieon,GATK在內的眾多開箱即用的公共應用,支持全球用戶使用。

功能特性

基因分析平臺具有以下主要功能特性:

  • 基因數據管理

    基因數據安全存儲在用戶自己的阿里云對象存儲OSS中,傳輸和存儲過程中全程加密,數據可靠性99.999999999%,并且可以通過多版本、3AZ、跨區域復制等功能提供數據容災服務。

    平臺支持用戶使用OSS的多種傳輸工具,包括命令行,圖形客戶端,網頁等方式,將基因數據快速傳到工作空間中進行分析。

    平臺提供實體表格的形式,幫助用戶組織和管理基因數據。用戶可以將OSS文件和生物樣本關聯的樣本、實驗等其他信息,以結構化的方式存儲起來,方便檢索和展示,并用于進一步的批量分析任務。

  • 生信流程開發

    基因分析平臺目前主要支持GA4GH聯盟下的WDL的流程語言標準,可以實現本地開發測試,在平臺上用于大規模的生產分析任務。用戶應用標準化、可遷移、可重復,同時支持多種執行環境。

    平臺為用戶生信流程提供了開發編輯環境,支持版本化管理和模塊化的復用。平臺提供了包括公共工具鏡像、第三方商業軟件、公共應用在內的WDL流程開發資源,幫忙用戶簡單方便的建立自己的分析應用。

  • 基因計算任務

    用戶運行WDL分析應用,指定OSS輸入文件和運行參數后,產生的分析任務將由平臺自動執行,直至完成。平臺運行任務具備智能調度、錯誤重試、中斷恢復等流程執行管理功能,并提供計算作業執行過程中的狀態查詢、性能監控、日志收集等基礎的開發者功能。

產品定價

使用基因分析平臺時,涉及收費的資源項如下:

  • 計算資源:用戶計算作業執行過程中,消耗的CPU/MEM/DISK等計算資源

  • 軟件算法:用戶計算作業中可能使用的第三方商業軟件

更多信息,請參見計費概述

相關概念

如果您希望全面地了解關于對象存儲的基礎知識,例如對象存儲的定義、工作原理和實際應用等,請參見什么是對象存儲