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使用本地IDE開發(fā)WDL流程應用

本文介紹了如何使用Visual Studio Code作為本地IDE,并安裝WDL插件,來進行WDL流程的開發(fā)和測試,再發(fā)布到基因分析平臺中。

準備本地開發(fā)環(huán)境

訪問Visual Studio Code官網(wǎng),下載和安裝完成后,再按照WDL插件到VSCode中,即可進行WDL流程的開發(fā)。

WDL

WDL流程開發(fā)測試

在上述環(huán)境下開發(fā)流程時,IDE提供了WDL語法高亮,語法檢查,Task定義和引用跳轉等實用功能,幫助用戶準確高效的開發(fā)WDL流程。同時,支持配置可調(diào)用的Cromwell API地址,對開發(fā)的流程進行本地調(diào)試。

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上傳基因分析平臺

阿里云基因分析平臺兼容本地環(huán)境、HPC集群的runtime屬性,如cpu、memory、disks以及docker。在本地開發(fā)測試通過后,用戶無需修改,直接將WDL文件直接復制粘貼到工作空間下新建應用中即可。

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