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使用App

App 是阿里云批量計算新推出的一個功能,支持第三方軟件封裝成 App,供其他用戶使用。App 是批量計算中資源配置的模板,包括使用什么鏡像,什么實例類型,VM 個數(shù)等描述信息。

查看 App

獲取 App 列表

bcs a

獲取 App 參數(shù)

bcs a :cromwell  # 查看詳情
bcs a 1          # 或者使用序號也一樣

查看 App 詳情

說明,只能查看私有的(自己創(chuàng)建的)App 詳情。 詳情包括軟件使用的鏡像,運行的命令行等信息。

bcs a my-app 0  # 查看第0個修訂版本的詳情

創(chuàng)建私有 App

使用 create_app|ca 命令創(chuàng)建私有 App。

使用命令:

bcs create_app|ca <app_name> <cmd> [option]

您可以加個 -h 查看幫助 bcs ca -h

最簡單創(chuàng)建 App 的方法

bcs ca my_app "echo 123" -i img-ubuntu

您也可以使用另一種方式: 直接使用 app 描述文件提交:

先準備一個 app 描述文件: ./myapp.json

{
    "Name": "myapp",
    "EnvVars": {},
    "Description": "", 
    "CommandLine": "echo 123",
    "OutputParameters": {}, 
    "VM": {
        "ECSImageId": "img-ubuntu"
    },
    "Daemonize": false, 
    "InputParameters": {}, 
    "Config": {
        "InstanceCount": {
            "Default": 1, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "ResourceType": {
            "Default": "OnDemand", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DiskType": {
            "Default": "cloud_efficiency ", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MaxRetryCount": {
            "Default": 0, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "Timeout": {
            "Default": 86400, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MinDiskSize": {
            "Default": 40, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "MinDataDiskSize": {
            "Default": 100, 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DataDiskType": {
            "Default": "cloud_efficiency ", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "DataDiskMountPoint": {
            "Default": "/home/mount/", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }, 
        "InstanceType": {
            "Default": "", 
            "Description": "", 
            "Overwritable": true
        }
    }
}

然后通過命令提交:

bcs ca --file myapp.json

還可以指定 option 覆蓋 app.json 中的配置:

bcs ca --file myapp.json -t ecs.s3.large

修改和刪除

bcs ua -h         # 修改自定義 App 的說明
bcs da -h         # 刪除自定義 App 的說明

請使用-h 查看幫助。

提交 App 作業(yè)

  • 目前僅支持 AutoCluster 作業(yè),不久將來會支持 Cluster。

使用 asub 命令快速使用 App 提交作業(yè)。

bcs asub <app_name> -h  # 查看指定 App 提交作業(yè)的參數(shù)等, 每個 App 提交參數(shù)是不一樣的。

如: bcs asub cromwell -h

  • --input_ 開頭的 option,用來指定 app 的 input 參數(shù), 您也可以換成 --input-from-file_ 開頭, 參數(shù)值如果是正確的本地文件路徑,該文件將被自動上傳到默認的 OSS 路徑下面。

  • --output_ 開頭的 option,是用來指定 output 參數(shù)的。

另外還可以使用 --config 來指定 App config 中的參數(shù),比如:

bcs asub <app_name> --config MinDataDiskSize=800,DataDiskType='cloud_efficiency',DataDiskMountPoint='/home/mount/' --input_input1 oss://your-buckit/input1/ --output_output1 oss://your-bucket/output1/

關(guān)于 App 的 config 參數(shù)詳情,請參考 App 的 API文檔

對 cromwell 工作流引擎和 WDL 的支持

批量計算服務提供了公共的 App: cromwell, 用來支持 WDL 編寫的工作流程。

您可以使用 gen 命令,快速創(chuàng)建特定的模板代碼。 目前(編寫此文檔時)支持 WDL 和 GATK 兩種模板。

舉例:

bcs gen ./demo -t wdl

這個命令在當前目錄下創(chuàng)建一個 demo 目錄,并生成一個簡單的 WDL 流程代碼。

demo
  |-- src
    |-- hello.wdl
    |-- inputs.json
    |-- options.json
  |-- main.sh     # 提交 App 作業(yè)的命令
  |-- Readme.md   # 新手必讀

修改 hello.wdl 和 main.sh 中的 OSS 路徑,運行 main.sh 提交作業(yè)即可。

同理支持 GATK,運行以下命令創(chuàng)建一個 GATK 工程樣例:

bcs gen ./demo -t gatk