注意事項

• mol數據類型的輸入、輸出函數遵循簡化分子線性輸入規范（SMILES）。

• fp數據類型的輸入、輸出功能遵循bytea（存儲二進制數據的字段類型）格式。

創建插件

postgres=# create extension rdkit ;
CREATE EXTENSION

默認參數配置

postgres=# show rdkit.tanimoto_threshold ;
 rdkit.tanimoto_threshold 
--------------------------
 0.5
(1 row)

postgres=# show rdkit.dice_threshold;
 rdkit.dice_threshold 
----------------------
 0.5
(1 row)

索引支持

• mol和fp的比較運算操作支持Btree索引、Hash索引。例如：

  CREATE INDEX molidx ON pgmol (mol);
  CREATE INDEX molidx ON pgmol (fp);

• mol的%、#、@>、<@操作和fp結構的%、#操作支持Gist索引。例如：

  CREATE INDEX molidx ON pgmol USING gist (mol);

函數示例

• tanimoto_sml函數計算tanimoto相似度。

  postgres=# \df tanimoto_sml
                             List of functions
   Schema |     Name     | Result data type | Argument data types | Type 
  --------+--------------+------------------+---------------------+------
   public | tanimoto_sml | double precision | bfp, bfp            | func
   public | tanimoto_sml | double precision | sfp, sfp            | func
  (2 rows)

• dice_sml函數計算dice相似度。

  postgres=# \df dice_sml
                           List of functions
   Schema |   Name   | Result data type | Argument data types | Type 
  --------+----------+------------------+---------------------+------
   public | dice_sml | double precision | bfp, bfp            | func
   public | dice_sml | double precision | sfp, sfp            | func
  (2 rows)

• substruct函數，當函數的第二個參數是第一個參數的子結構時，函數返回結果為TRUE。

  postgres=# \df substruct
                           List of functions
   Schema |   Name    | Result data type | Argument data types | Type 
  --------+-----------+------------------+---------------------+------
   public | substruct | boolean          | mol, mol            | func
   public | substruct | boolean          | mol, qmol           | func
   public | substruct | boolean          | reaction, reaction  | func
  (3 rows)

基礎操作說明

• mol % mol、fp % fp

  當Tanimoto相似度計算結果小于GUC配置參數rdkit.tanimoto_threshold時，該操作返回結果為TRUE。

• mol # mol、fp # fp

  當Dice相似度計算結果小于GUC配置參數rdkit.dice_threshold時，該操作返回結果為TRUE。

• mol @> mol

  如果操作符@>左邊對象包含右邊對象，該操作返回結果為TRUE。

• mol <@ mol

  如果操作符<@右邊對象包含左邊對象，該操作返回結果為TRUE。